El Organismo Andino de Salud, surgió ante la necesidad de que paralelamente a los esfuerzos de integración andina en las áreas económica y educacional, se considerara el papel fundamental que debe jugar la salud en el proceso de integración de los pueblos andinos, iniciativa del gobierno del Perú y de su Ministerio de Salud.

Es así que se convoca la Primera Reunión de Ministros de Salud del Área Andina que se celebró en Lima, del 15 al 18 de diciembre de 1971, con la participación de Bolivia, Colombia, Chile, Ecuador, Perú y Venezuela, suscribiéndose el Convenio de Cooperación en Salud de los Países del Área Andina.

Posteriormente, en el año 1974, en la ciudad de Caracas - Venezuela, se firma el Protocolo Adicional por el cual se complementa y perfecciona el Convenio Hipólito Unánue, creándose la Secretaría Ejecutiva con sede fija en Lima. Asimismo, se establecen los compromisos financieros de los países, otorgándose al Convenio el Tratado de Derecho Público Internacional.